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目的:比较不同的DNA提取方法、实时荧光定量PCR(qPCR)的引物及荧光染料对人卵泡液游离核DNA(cf-nDNA)和游离线粒体DNA(cf-mtDNA)定量检测的影响。方法:收集2018年3月~10月在华中科技大学同济医学院生殖医学中心进行体外受精/卵胞浆内单精子显微注射技术(IVF/ICSI)的40例患者卵泡液样本,分别用4种不同的方法(方法一:BeaverBeads CirculatingDNA试剂盒、方法二:蛋白酶K(PK)法、方法三:Hieff@qPCR SYBR@ Green Master Mix和方法四:KOD SYBR@qPCR Mix)提取和纯化卵泡液中的游离DNA(cf-DNA)样本;用4种cf-nDNA引物(ALU115、B2MF1、GAPDH和β-globin)和4种cf-mtDNA引物(ND1-primerl、ND1-primer2、hmito3和hmito5)分别定量检测卵泡液cf-nDNA和cf-mtDNA水平;比较qPCR实验中SYBR Green化学染料和TaqMan探针两种方法在定量检测上的差异。结果:提取cf-nDNA的浓度按以下顺序排列:方法一>方法四>方法二>方法三(P<0.05),提取cf-mtDNA的浓度按以下顺序排列:方法一>方法四>方法三>方法二(P<0.05);样本中cf-nDNA的扩增浓度按照以下顺序排列:ALU115>GAPDH>β-globin>B2MF1(P<0.05),4种cf-nDNA引物无相关性(P>0.05)。cf-mtDNA的扩增浓度按以下顺序排列:ND1-primerl>ND1-primer2>hmito5 >hmito3(P<0.05)。ND1-primerl和ND1-primer2有很强的相关性(r=0.517,P<0.05),hmito3和hmito5也有很强的相关性(r=0.989,P<0.05);在以β-globin和ND1-primerl为引物的qPCR实验中,TaqMan探针法检测的Ct值高于SYBR Green化学
染料法(P<0.05)。结论:人卵泡液样本的提取方法、引物和荧光染料的选择均影响cf-nDNA和cf-mtDNA的定量,建议根据不同的研究目的选择合适的方法。 |
关键词: 游离核DNA 游离线粒体DNA 人卵泡液;检测方法 |
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基金项目:湖北省卫生健康委员会面上项目(编号:WJ2019M112) |
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